Questa fase risulta essere la più importante dell'intero ciclo: infatti la strumentazione viene sottoposta a temperatura e pressione di vapore di intensità tali da garantire la completa eliminazione di tutti gli elementi patogeni presenti sulle superfici esterne ed interne.
Per il controllo dell'efficacia di tali procedure, vengono regolarmente eseguiti test dedicati (Vacuum Test, Test di Bowie-Dick, Hellix Test, indicatori di sterilizzazione a vapore).
Una volta terminato il ciclo di sterilizzazione degli strumenti in autoclave, questi vengono stoccati nell'armadio dell'ambulatorio dove rimangono sigillati fino al momento dell’uso, quando saranno aperti davanti al Paziente.
Tutte le superfici ed i piani di lavoro, ivi compresa la poltrona, vengono lavate, asciugate e disinfettate con cura dopo ogni intervento, mediante l'impiego di prodotti ad alto potere viricida, battericida, fungicida e attivi contro virus HIV-I, HVC, etc...